莫拉克風災過後，死廢棄禽畜屍體已清理完畢；現階段屏東縣家畜疾病防治所已投入10台消毒車完成化製場、掩埋場、各受災鄉鎮畜牧場週邊道路及650場次的消毒作業，並發放消毒水至各鄉鎮市公所供受災畜牧場領取自行消毒。 屏東縣政府農業處表示，這次水災造成縣內畜牧業嚴重的災情，共有5萬頭以上豬隻、200萬以上雞隻死亡，家畜疾病防治所表示已向宜蘭、花蓮、桃園、彰化、雲林、台南及高雄徵調消毒車輛及人員加入屏東縣畜牧場消毒行列。 同時，在龐大的屍體清運問題處理完後立即通知縣內所屬養豬協會、養雞協會、各鄉、鎮、市公所轉告各受災畜牧場，須立即進行消毒工作防止疫病爆發；要自行消毒的畜牧場可至當地公所或防治所領取消毒水使用，無法自行消毒的畜牧場可向本家畜疾病防治所申請，該所會派消毒車至現場消毒，受災後的畜牧場最好能消毒3次再進行復養。 家畜疾病防治所長徐榮彬呼籲屏東縣各畜禽飼養戶，現在風災過後積水退去且氣溫回升，動物傳染病的威脅蠢蠢欲動若不注意相關防疫措施恐爆發另一波嚴重的疫情；如果禽畜飼養戶有任何防疫上的問題，可以向家畜疾病防治所洽詢，若發現所飼養的禽畜有任何異狀或疫情，應立即向鄉、鎮、市公所或防治所通報儘速處理避免疫情擴散蔓延。