易淹水地區水患治理邁入第二階段，主其事的經濟部水利署表示，將把重點置於增加對中部科學園區、南科高雄園區、台中港特定區以及高鐵站等重大國家建設地區和人口密集區的保護。 國會通過第二階段治水預算後，水利署已經擬妥實施方案，將朝保水治山、清淤疏濬兩大方向進行水患整治。透過第二階段的水患整治，坡地水保控制土砂產量可達410萬立方公尺，治山防洪控制土砂產量更高達約935萬立方公尺，保護山坡地56.2萬公頃。 在清淤疏濬方面，透過水患治理第二期的工程，全台3年間可增加疏濬水路920公里，充分達到減少淹水損害及淹水時間的功效。 水利署副署長吳約西表示，透過第二階段的水患治理工程，可增加保護面積約125平方公里，保護人口約90多萬人。而治理計畫將公告全台270條縣市管理河川排水的整體規劃與治理方針，有效提升縣市政府維護管理效能。 吳約西說，實施期程自97─99年的易淹水地區水患整治第二階段實施計劃，中央政府編列高達445億元的特別預算案，今年分配96億8700多萬元，明年184億6000多萬元，後年163億4900多萬元預算，全數以舉借債務支應，完全不受公共債務法舉債上限限制。 立法院在去年通過「易淹水地區水患治理特別條例」，同意中央政府以特別預算方式，解決易淹水地區水患治理問題，不過也附帶但書，經費以1160億元為限；已經完成的95到96年度的第1階段治水特別預算，分配經費309.65億元，第二階段445億元較第一階段足足多出135.35億元。