中颱莫拉克來襲，帶來強烈的陣風及豪大雨，造成中南部災情頻傳，雖未對本縣造成嚴重水患，但也造成民眾許多的不便。為了確保水質，環保局已協調自來水公司已對淨水場原水濁度加強檢驗，隨時把關監控自來水水質，必須達到10NTU（濁度）以下，讓鄉親安心使用。 環保局呼籲民眾於颱風過後飲用自來水應先養成煮沸3-5分鐘後再飲用的習慣，依環保署指出，如果擔心消毒水味道造或水質濁度問題，可將自來水放置約半天時間，不宜生飲；而九成民眾都直接到加水站取水，亦應煮沸後始可飲用，自行飲用井水、簡易自來水用戶，也應確實消毒或煮沸後再飲用以維護健康；環保局再次重申井水仍僅供洗滌用途不適飲用。 蓄水池貯水的自來水用戶，應檢查蓄水池是否淹水或有無污水滲入，如有淹水於災後應抽乾水池洗刷乾淨後再予適當消毒，才可繼續使用。消毒方式可選購市受漂白水，成分為次氯酸鈉濃度約3%至6%左右，稀釋成100倍（約每10公升清水中加入10公克漂白粉或漂白水）刷洗蓄水池或水塔（刷洗時應注意安全及通風），較慎重的方式是委託自來水事業單位輔導之蓄水池（塔）清洗業清洗消毒，以確保用水安全。 馬公市山水、興仁、烏崁里及各三級離島等簡易自來水用戶，管理單位於災後應清除水井或水池之污泥並洗刷乾淨，必要時施以消毒再重新使用，且飲用水應經過煮沸後才可飲用。水池、水井清洗過後之污水，可以盛裝容器承接，以作為次級用水如清洗地板、沖洗馬桶、澆花灑水等非民生用途，以避免水資源浪費。