馬英九總統兼任國民黨主席底定，前副總統呂秀蓮表示，馬英九希望藉由兼任黨揆，掌握立委提名權，進而掌控國會指揮權；甚至可能透過國共平台，馬主席就可以與中國共產黨的黨主席杯酒交歡，這是全民共同的憂慮。 呂秀蓮說，馬英九兼任國民黨黨主席，她沒有理由批評，因為過去前總統陳水扁也曾兼任民進黨黨主席，她曾私下表達反對意見，事實也證明總統不兼主席比較好。對於馬英九兼任黨主席，她也提出觀察指出，馬英九既已集大權於一身，現在決定要兼任黨主席，應是著眼於黨中央的立委提名權，立委都得聽他的，藉此有效掌握立委指揮權；此外，馬英九兼任黨主席後，也可能透過國共論壇平台，與中國共產黨黨揆杯酒交歡。