行政院三日院會通過「莫拉克颱風災後重建特別預算案」，歲出總計編列一千兩百億元，全數以舉借債務支應，從今年度起共分四個年度編列；其中以今、明兩個年度比重最高，分別佔四一四億、四九○億，一○○年度則編列兩百廿七億、一○一年度編列六九億元。 這是劉內閣上任一年半，繼四年五千億擴大內需特別預算後，再次巨額舉債。主計處統計，明年度光是總預算與擴大內需特別預算，已舉債四千六百六十億元，創下歷任內閣最新高；現再加上一千兩百億，馬政府債台高築已逼法定上限。 不過，行政院一口氣舉了一千兩百億的公債，主計處昨天在院會會後記者會上，卻只有簡單口頭報告，附上一張半不到的新聞稿，未列各相關部會預算細目，災後重建如何運用也付之闕如。 根據主計處編列預算，一千兩百億元的特別預算，以辦理嚴重農損的農委會拔得頭籌，總計編列二六九．八億，用於辦理農貸展延、農漁會信用部借款展延的利息補貼，以及擔保品滅失補助、受災戶農業損失現金救助等。 其次，預算規模第二高者是總管地方事務的內政部，共編列二一二．四億元，主要項目為辦理長期安置住宅計畫、市區村里聯絡道路橋樑復建工程、安家方案所需。排名第三的交通部編列二一○．六億，辦理公路系統和鐵路設施緊急搶修復健，和觀光重建計畫。 經濟部則編列二○○．九億元，辦理中央管河川復建、淹水水災救助和縣市管河川、排水復建計畫所需。衛生署則編八六．六億元，辦理預防傳染病流行防疫計畫，健保費和醫療補助；原民會因轄區涵蓋受災最嚴重的原住民部落，共編列七五．三億元。 勞委會也編列三二．七億，辦理廠商雇用人員獎勵與臨時工作津貼等。此外，行政院本院編了九二．六億元，金管會因辦理災前借款和信用卡債務展延利息，編列一○．八億元。