呼應市府於4月29日成立「H1N1新型流感疫情指揮中心」，南區區公所於5月1日上午10時於公所3樓會議室，召開「H1N1新型流感疫情指揮中心」成立籌備會議，由公所林秘書國文主持，除公所民政課長、役政課長、社政課長及經建課長參加外，並邀請南區戶政事務所陳股長育騰、南區衛生所季主任及環保局第三區隊梁班長共同研商相關事宜。 會中除由業務單位報告各組任務分工外，南區衛生所季主任並向與會代表詳細解說H1N1新型流感疫情及傳染特性，與會人員均踴躍發言提供相關防疫經驗，會中一致認為須從加強禽畜類管理及加強個案通報著手，並透過宣導以消除民眾不必要恐慌，增加對防疫的信心。 南區公所表示，目前轄內豬隻約450頭，已加強轄內養豬戶及豬隻疫情監控，南區「H1N1新型流感疫情指揮中心」共分成環保組、醫療組、資訊組、關懷組、後勤組、工務組及動員組等7組，會議中各組針對各自任務分工踴躍討論後一致同意將保持密切連繫，相信若疫情發生時，在「疫情指揮中心」分工合作下，防疫物資及災民救濟、安置將充份發生功能，迅速且有效的控制疫情降低對民眾所造成影響。