陳水扁的第二任，軍中有個以前後備司令余連發上將為首的「余家軍」，勢力遍及軍情、憲兵、陸軍與後備。這股如同民進黨的正義連線軍中勢力，逼得連前國防部長李傑都不得不正視。 余家軍最盛時期是在九十五、六年，「余連發在軍中就代表陳水扁」，部分軍事將領升任重要軍職前，均拜會余連發尋求支持；例如，九十五年六月有軍種副司令層級異動，一位中將事前即前往探望余，余當面說「沒問題，一定支持」，這位中將隨即順利發表副司令職位。 再如，九十五年四月的上將副總長與軍情局長、憲兵司令等人事異動，「余家軍」大獲全勝，當時發布的憲兵司令盧台生中將、軍情局長沈世籍中將，全是余連發支持人選。 此外，九十五年二月有十餘位上將大調動，余連發也有一定的建言參與角色。 事實上，後備司令本來是國軍上將職務中，較不重要的職缺，做過同樣職務的前國安局長薛石民便曾私下說過，「後備司令是國軍所有上將職務中，最閒的一個」。不過，這個閒缺給余連發坐得發燙，那個時候的余連發，野心勃勃，目標放在競逐陸軍司令與參謀總長兩個職務。 那時的余連發，已是所謂的「扁家軍」嫡系龍頭，並自己培養「余家軍」，常對軍中人事、政策的評論與意見「說三道四」，一度連陳前總統在軍中的監軍、前國防部副部長柯承亨都相當不以為然。 自九十四年升任上將後，余連發軍中影響力遽增，並在九十五年兩波重要人事案中展現實力，加上陳水扁與綠營政治人脈良好關係，以及扁家友人黃芳彥加持，余發連著實在軍中風光兩年，終因爆發炒股案，而且買的又是最敏感的「燁」字頭股票，余連發在軍中勢力始漸褪去，陸軍司令與總長夢才幻滅。