濁水溪沙塵問題，雲林縣政府花錢買電視廣告，縣長蘇治芬又把茅頭對準環保署，並公開砲轟中央，環保署也發佈新聞稿反擊，要求縣長蘇治芬道歉。環保署表示，中央與地方政府多年來都持續合作，為抑制濁水溪沙塵問題而努力，如今雲林縣政府一邊要求中央合作，卻又同時製作文宣誤導視聽，環保署認為，蘇治芬「居心叵測」，應該對雲林鄉親公開道歉的人。 環保署空保處處長楊慶熙表示，濁水溪沙塵暴的可能原因，除了縣府所說的上游集集攔河堰興建啟用，農民在河灘種菜翻土外，環保署及委託學者專家的研究報告發現，濁水溪下游平坦地水流結構，在枯水季河灘地的因素，也是揚塵效應的主導者。 楊慶熙舉例，台東縣卑南溪也有嚴重揚塵問題，但是上游並無攔河堰，河灘沒有農民種菜，一到東北季風期，沙塵問題始終無法解決，環保署95年起即積極與雲林縣環保局及沿岸鄉鎮公所合作，進行抑制揚塵工法的試驗及示範計畫，96年11月起，更邀集經濟部水利署及各縣市政府密集召開會議，去年就進行跳島式、三仙膠及種植培地茅植生等工法示範施作。 蘇治芬指出，她從媒體報導訊息得知在該特別預算計畫中雲林縣獲52億經費，是25縣市中排名第十，但是她身為地方父母官卻只知道其中17億的用途其他35億卻絲毫不知，呼籲中央將濁水溪揚塵整治工程納入該計畫，縣府只是表達居民生活上所受的困境並非詆毀中央，居民生活品質與健康飽受威脅，縣府要求中央重視雲林居民的切身感受，冀求中央為濁水溪沿岸居民健康著想。 縣府環保局則針對濁水溪揚塵問題提出改善策略建議案，希望中央應重視並納入4年5000億振興經濟擴大公共建設特別預算計畫中，跨部會整合治理，而非在沙灘地小規模實驗性質的防治，長期無法有具體成效。 環保局強調，中央應針對濁水溪沿岸七鄉鎮給予以下之補助，1. 學校等公共設施之砂窗、空調、照明及民眾之防護設備，如口罩。 2. 補助必要之清掃機具及維護費，如清溝機、吸泥車、掃街車。 3. 補助綠化及植樹（如７鄉鎮每村里20-50萬）。 4. 補助民眾每年健康檢查１次。 5. 補助環保志工定期協助清理社區。 6. 中央政府應盡速規劃於濁水溪下游堤岸兩側（不與民爭地）進行防風林栽種。