「金門協議」簽署19年以來，兩岸紅十字組織雙向遣返38936人，顯示「金門協議」簽署後，在兩岸聯手打擊犯罪方面發揮了重要作用。根據大陸媒體中新社報導，兩岸合作打擊犯罪已被列入下一步兩會協商的重要議題。 據了解，自1990年「金門協議」簽署至今年1月，兩岸紅十字組織共同實施雙向遣返作業212批，雙向遣返38936人，其中接回私渡人員38570 人。大陸向台方遣返非法入境人員、刑事犯、刑事嫌疑人91批366人，完成接受大陸劫機犯罪嫌疑人5批18人，向台灣遣返劫機犯罪嫌疑人1批1人。 特別是 2007年1月25日、26日順利完成台灣重大通緝要犯陳益華、薛球、李漢揚、李金瓚，以及黃玉蘭、楊介文兩個電信詐騙團夥的遣返，在海峽兩岸引起了很大反響。 「金門協議」簽訂以來，兩岸合作打擊犯罪聯繫的管道是通暢的，運作是有效的，為兩岸合作打擊犯罪做出了積極的貢獻。兩岸將秉持兩岸合作打擊犯罪的立場，繼續推進兩岸共同打擊犯罪，也希望雙方以實際行動營造有利於兩岸合作打擊犯罪的氛圍和條件。 海峽兩岸紅十字組織代表於民國七十九年九月十一日至十二日進行兩日工作商談，就雙方參與見證其主管部門執行海上遣返事宜，達成以下協議： 一、遣返原則： 應確保遣返作業符合人道精神與安全便利的原則。 二、遣返對象： （一）違反有關規定進入對方地區的居民（但因捕魚作業遭遇緊急避風等不可抗力因素必須暫入對方地區者，不在此列）。 （二）刑事嫌疑犯或刑事犯。 三、遣返交接地點： 雙方商定為馬尾<--->馬祖，但依被遣返人員的原居地分佈情況及氣候、海象等因素，雙方得協議另擇廈門<--->金門。 四、遣返程序： （一）一方應將被遣返人員的有關資料通知於對方，對方應於二十日內核查答復，並按商定時間、地點遣返交接，如核查對象有疑問者，亦應通知對 方，以便複查。 （二）遣返交接雙方均用紅十字專用船，並由民用船隻在約定地點引導，遣返船、引道船均懸掛白底紅十字旗（不掛其它旗幟，不使用其它的標誌）。 （三）遣返交接時，應由雙方事先約定的代表二人，簽署交接見證書。 該協議書簽署後，雙方應儘速解決有關技術問題，以期在最短期間內付諸實施，如有未盡事宜，雙方得另行商定。該協議書於金門簽字，各存一份。