經濟部水利署表示：高鐵沿線3公里公有水井封移計畫業已完成，雲林高鐵沿線下陷情勢已有改善，水利署與高鐵局進一步繼續嚴密監控。 水利署說，雲林地區由於用水過度仰賴地下水，長期抽取地下水之結果，造成地層下陷。 對於地層下陷可能對高鐵行車安全造成之影響，政府各部門已進行嚴密監控及採取防範措施。 行政院農業委員會及經濟部鑒於雲林地區地層下陷對高鐵行車安全潛藏之危害，於94年提出辦理「雲林縣境高鐵沿線3公里寬範圍內公有合法水井封移實施計畫」，所需經費約3億6,395萬元該專案計畫已於97年結束，針對高鐵沿線3公里範圍內之87口公有水井，已完成封填水井29口、停用39口，加強監控19口。 由高程檢測資料顯示，97年度雲林大部分地區下陷速率已低於7公分/年，持續下陷面積為581平方公里，相較於計畫執行前最大年平均下陷速率為11.6公分/年，持續下陷面積為679平方公里，顯示該計畫實施地區於計畫執行後，地層下陷現象已呈現持續趨緩。 根據高鐵公司最新監測資料顯示，該路段較大下陷處位於78號快速道路與高鐵交叉段，惟近年來沉陷已逐年減緩。 虎尾站區附近，惟仍在橋樑基礎差異沈陷容許範圍內，且近年來已逐年減少，尚不致影響高鐵橋樑結構。 目前水利署除持續進行加強地下水觀測與地層下陷檢測作業外，並持續監控公有水井抽水狀況，亦請雲林縣政府於主管機關權責，加強違法水井處置，「新增違法水井即報即拆除，落實執行」，既有違法水井以分類、分期、分區管理，以減少地下水抽用量，減緩地層下陷。