福澳港島際船席之間正在進行島際浮動碼頭工程，空間已經不足，加上大小型車輛在每次島際船舶靠岸時，全都駛進碼頭區，一時之間人、車交錯，對於碼頭秩序嚴重損害，最重要的是對旅客人身安全的威脅。 碼頭區到底要不要限制車輛進入，這個議題過去曾經討論過，但基於卸貨、載客方便，福澳港島際客運碼頭長期以來都是呈現開放的狀態，港務處也曾多次要求相關車輛不要開進碼頭區，以免在旅客上下船時造成混亂，甚至影響遊客人身安全。 目前福澳碼頭正在進行浮動碼頭工程，相關空間已經減少，但由於夏日旅客量增加，碼頭區不但有大、小型車輛，甚至有大型遊覽車出現；日前還有一台巴士送客上北竿後，連司機都不見了，一整台遊覽車就直接放在碼頭區內好幾個小時，讓後面船舶旅客上下船時，造成極大的不便。 港務處也呼籲，島際碼頭區目前是開放的，雖然給予大家方便，但在船舶上下旅客時，請車輛一定要保持距離，不要開進碼頭區，人員可以進入碼頭區帶領相關人員到車輛停泊處上車，不要全部開進碼頭區，造成人、車混雜的危險場面。